การฆ่าเชื้อในห้องคลีนรูมหมายถึงการฆ่าหรือกำจัดจุลินทรีย์ทั้งหมด (รวมถึงแบคทีเรีย ไวรัส ฯลฯ) ในสารซึ่งมีความสำคัญอย่างยิ่งกล่าวอีกนัยหนึ่งซึ่งสอดคล้องกับการฆ่าเชื้อคือการไม่ฆ่าเชื้อและไม่มีสถานะขั้นกลางของการฆ่าเชื้อมากขึ้นและการทำหมันน้อยลงจากมุมมองนี้ การทำหมันแบบสัมบูรณ์แทบจะไม่มีอยู่เลย เนื่องจากเป็นเรื่องยากที่จะบรรลุผลสำเร็จหรือถึงจุดสิ้นสุดของเวลา
วิธีการฆ่าเชื้อที่ใช้กันทั่วไปส่วนใหญ่ประกอบด้วย: การฆ่าเชื้อแบบแห้งด้วยอุณหภูมิสูง, การฆ่าเชื้อด้วยไอน้ำแรงดันสูง, การฆ่าเชื้อด้วยแก๊ส, การฆ่าเชื้อด้วยตัวกรอง, การฆ่าเชื้อด้วยรังสีและอื่น ๆ