อุณหภูมิและความชื้นของห้องปลอดเชื้อส่วนใหญ่จะถูกกำหนดตามความต้องการของกระบวนการ แต่ภายใต้เงื่อนไขที่เป็นไปตามข้อกำหนดของกระบวนการ ควรคำนึงถึงความสะดวกสบายของมนุษย์ด้วยด้วยข้อกำหนดด้านความสะอาดของอากาศที่เพิ่มขึ้น มีแนวโน้มว่ากระบวนการนี้มีข้อกำหนดด้านอุณหภูมิและความชื้นที่เข้มงวดมากขึ้นเรื่อยๆ
เนื่องจากความแม่นยำในการตัดเฉือนมีความละเอียดมากขึ้นเรื่อยๆ ข้อกำหนดสำหรับช่วงความผันผวนของอุณหภูมิจึงน้อยลงเรื่อยๆตัวอย่างเช่น ในกระบวนการสัมผัสการพิมพ์หินของการผลิตวงจรรวมขนาดใหญ่ ความแตกต่างระหว่างค่าสัมประสิทธิ์การขยายตัวเนื่องจากความร้อนของแก้วและเวเฟอร์ซิลิคอนเนื่องจากวัสดุของไดอะแฟรมจะต้องมีขนาดเล็กลงเรื่อยๆเวเฟอร์ซิลิคอนที่มีเส้นผ่านศูนย์กลาง 100μm จะทำให้เกิดการขยายตัวเชิงเส้น 0.24μm เมื่ออุณหภูมิสูงขึ้น 1 องศาดังนั้นจึงต้องมีอุณหภูมิคงที่ ±0.1 องศาในขณะเดียวกันค่าความชื้นโดยทั่วไปจะต้องต่ำเพราะหลังจากที่คนเหงื่อออกผลิตภัณฑ์จะปนเปื้อนโดยเฉพาะสำหรับโรงผลิตเซมิคอนดักเตอร์ที่กลัวโซเดียมโรงทำความสะอาดประเภทนี้ไม่ควรเกิน 25 องศา
ความชื้นที่มากเกินไปทำให้เกิดปัญหามากขึ้นเมื่อความชื้นสัมพัทธ์เกิน 55% จะเกิดการควบแน่นที่ผนังท่อน้ำหล่อเย็นหากเกิดขึ้นในอุปกรณ์หรือวงจรที่มีความแม่นยำจะทำให้เกิดอุบัติเหตุต่างๆสนิมง่ายเมื่อมีความชื้นสัมพัทธ์ 50%นอกจากนี้เมื่อมีความชื้นสูงเกินไป ฝุ่นบนพื้นผิวของแผ่นเวเฟอร์ซิลิคอนจะถูกดูดซับทางเคมีด้วยโมเลกุลของน้ำในอากาศสู่พื้นผิวซึ่งยากต่อการกำจัดยิ่งความชื้นสัมพัทธ์สูง การกำจัดการยึดเกาะก็จะยากขึ้น แต่เมื่อความชื้นสัมพัทธ์ต่ำกว่า 30% อนุภาคก็จะถูกดูดซับบนพื้นผิวได้ง่ายเนื่องจากการกระทำของแรงไฟฟ้าสถิตและเซมิคอนดักเตอร์จำนวนมาก อุปกรณ์มีแนวโน้มที่จะพังช่วงอุณหภูมิที่ดีที่สุดสำหรับการผลิตแผ่นเวเฟอร์ซิลิคอนคือ 35~45%