การฆ่าเชื้อในห้องปลอดเชื้อหมายถึงการฆ่าหรือกำจัดจุลินทรีย์ทั้งหมด (รวมถึงแบคทีเรีย ไวรัส ฯลฯ) ในสารซึ่งมีนัยสำคัญอย่างยิ่ง กล่าวอีกนัยหนึ่งที่สอดคล้องกับการทำหมันคือการไม่ฆ่าเชื้อ และไม่มีสถานะขั้นกลางของการฆ่าเชื้อมากขึ้นและการทำหมันน้อยลง จากมุมมองนี้ การทำหมันแบบสัมบูรณ์แทบจะไม่มีเลยเพราะเป็นการยากที่จะบรรลุผลหรือถึงเวลาที่ไม่มีที่สิ้นสุด
วิธีการฆ่าเชื้อที่ใช้กันทั่วไปส่วนใหญ่รวมถึง: การฆ่าเชื้อด้วยความร้อนที่อุณหภูมิสูง, การฆ่าเชื้อด้วยไอน้ำแรงดันสูง, การฆ่าเชื้อด้วยแก๊ส, การฆ่าเชื้อด้วยตัวกรอง, การฆ่าเชื้อด้วยรังสีและอื่น ๆ